二級(jí)生物安全柜同一級(jí)生物安全柜一樣，氣體也是從外部流入二級(jí)生物安全柜，通常稱為進(jìn)流。進(jìn)流能夠防止微生物操作時(shí)產(chǎn)生的氣溶膠從安全柜前面操作窗口逃逸到實(shí)驗(yàn)室內(nèi)。然而，它們不同于一級(jí)生物安全柜之處為，只讓經(jīng)HEPA過(guò)濾的（無(wú)菌的）空氣流過(guò)工作臺(tái)面。內(nèi)置風(fēng)機(jī)將空氣經(jīng)前面的開口引入安全柜內(nèi)并進(jìn)入前面的進(jìn)風(fēng)格柵。因此沒有經(jīng)過(guò)過(guò)濾器過(guò)濾的空氣不會(huì)直接進(jìn)入工作區(qū)，從而保護(hù)安全柜內(nèi)部存放的樣品和儀器不被外界空氣所污染。